Будучи сиквелом оригинального Doom, Doom II: Hell on Earth прямо продолжает события Doom. Действие происходит после того, как протагонист возвращается на Землю (по завершению первой игры), и находит, что силы Ада заполнили планету. Города пылают в огне, а человечество находится на грани исчезновения. Последняя отчаянная попытка спасти оставшихся в живых и сохранить человеческую расу – эвакуировать людей на гигантских космических кораблях. Однако, защитный барьер не позволяет покинуть орбиту, а отключить его можно только в космической станции, захваченной чужаками. Так как протагонист успешно прошел бои с чужаками на Фобосе и Деймосе, в первой игре, то именно он отправляется на расчистку базы.
