Crackdown 3 сохраняет базовый геймплей Crackdown и Crackdown 2. Несколько разных организаций контролируют город Нью-Провиденс. Игрок должен разобраться с этими организациями, убив их боссов и Оси, уничтожив их объекты и дестабилизировав их инфраструктуры. Для достижения цели игрок может использовать разнообразное оружие, от огнестрельного до гранат и ракетниц. Также можно полагаться на свою физическую силу. Можно водить любые транспортные средства, найденные в игре. Присутствует система «Навыки для убийств», как и в прошлых играх; согласно системе, за убийство врагов разными инструментами и обнаружение скрытых вещей в городе игрок получает сферы. Сферы повышают базовые навыки: ловкость, огнестрельное оружие, силу, взрывчатки и вождение.
В Crackdown 3 есть новая система «Банды наносят ответный удар»: игрок может привлечь внимание босса или Оси, если уничтожит связанные с ними локации и элементы. Члены банды могут отвечать на эти действия в любое время и в любом месте. Если игрок отбивается от некоторого количества «ответок», то боссы и Ось могут прийти за игроком лично. Другой новый элемент – введение разрушаемых сред в состязательном мультиплеерном режиме «Аварийная зона»: почти всю карту можно разрушить.
Через 10 лет после событий Crackdown 2 террористическая атака из неизвестного источника ликвидирует власть во всем мире. Агентство возвращается в действие, когда источник атаки обнаруживают в городе Нью-Провиденс, контролируемом таинственной организацией Терра Нова. Первый удар Агентства по организации неудачен. Игровые персонажи – сверхусиленные агенты – прибывают к полю действий по призыву Голоса Агентства и, ведомые командиром Джаксоном, становятся последней надеждой в борьбе с Терра Новой.
